物流系统分析的内容广泛，它研究的主要问题是如何使物流系统的整体效应达到最优化。一般而论，越是重大而复杂的问题，运用物流系统分析就越合算。在经济管理中，主要有以下几个方面的应用。
        （1）制定经济发展规划、计划。对于各种资源条件、统计资料、生产经营目标等方面，运用规划的分析方法寻求优化方案，然后综合其他相关因素，在保证物流系统协调一致的前提下，对物流系统的输入和输出进行权衡，从这些优化方案中选择一个比较满意的计划方案。对企业而言，此类分析工具常见于在企业初期规划时，根据企业的发展计划分析与之相适的物流系统，比如，扩建后企业的物流系统整体规划分析、企业5~10年物流系统的长期与分析等。
        （2）重大物流工程项目的组织管理。对于工程项目的各个部分，运用网络分析的方法，进行全面的计划协调和安排，以保证工程各个环节密切配合，保质保量地如期完成。在企业物流系统分析中最常见的仓库、配送中心等物流设施的选址和规划。
        （3）厂址选择和建厂规划。新建一个工厂应对原材料的来源、技术条件、交通运输、市场状况、能源供应、生活设施等客观条件与环境因素，运用物流系统分析的方法论证技术上的先进性、经济上的合理性、建设上的可行性，以选择最佳的建设方案。
        （4）新产品的开发。设计新产品时，应对新产品的使用目的、技术结构、原材料、销售市场、价格、质量等进行价值分析，以确定该产品最适宜的设计性能、技术结构、用料选择、市场接受的价格水平及原材料供应商等。
        （5）资金成果管理。对生产费用进行预算控制，对生产活动采取的技术履行和革新措施，进行成本盈亏分析，然后再决定采取一种经济合理的措施或方案。
        （6）组织企业的生产布局和生产线。在生产组织方面为求得人员、物资、设备等各种生产设施所需要的空间，进行最佳的分配和安排，并使相互间能有效地组合安全地运行，从而使工厂获得较高的生产率和经济效益。企业生产布局和生产线的规划和分析是企业物流系统分析的重要组成部分，一旦确定了生产布局和生产线，企业内部的物流结构就大致固定。
       （7）生产调度。可以运用投入产出分析法，搞好各种零部件的投入产出平衡与生产能力平衡，确定量合理的生产周期、批量标准和在制品的储备周期，并运用调度管理安排加工顺序和装配线平衡，实现准时生产和均衡生产。特别是物流系统运行中的库存管理问题一直是物流系统分析的重点，如何以经济合理的库存量来确保生产正常进行、提高库存效率是近期物流管理的重点，也是我国企业物流系统管理亟待解决的问题之一。
       物流系统分析在解决上述经济发展方面是很有成效的，同时在解决区域性甚至全球性的经济社会发展问题上，也取得了一定的成效。