物流管理信息系统的主要功能是满足物流企业口常生产活动中对资金、人事、业务流程管理、资产等的审核监督、控制等方面的要求。因此具体的物流管理信息系统有许多不同的实现种类,分别适用于物流企业不同方面的要求,如:电子邮件系统、办公自动化系统、工资系统、人事档案系统、固定资产管理系统、财务管理系统、进销存管理系统、生产制造管理系统、企业资源管理系统、客户关系管理系统、供应商关系管理系统、物流作业管理系统、供应链管理系统、物流信息管理平台等。
下面以货代管理软件为例说明常用的物流管理信息系统的主要功能。 
1.空运管理模块的功能
空运管理信息系统的主要功能包括:客户委托、制单作业、集货作业、订舱、预报、POD(客户接受确认)、运价管理等。
2.海运管理模块的功能
海运管理信息系统的主要功能包括:客户委托、制单作业、订舱、调箱作业、集装/拼箱作业等。
3.其他管理模块的功能
其他的货代物流管理信息系统诸如财务管理信息系统包括:总账管理、应收账款管理、应付账款管理、财务预算管理、固定资产管理、财务分析管理、客户化财务报表等。另外,还有仓储管理信息系统、运输管理信息系统、订单管理信息系统、结算管理信息系统等,它们都具有各自独有的功能。
由此可见,物流是一个多环节的复杂系统,合理的物流过程对物流信息和环境的时效性、真实性要求较高,管理人员只有及时地获取可靠的信息才能做出正确的判断和决策。信息管理系统的决策支持功能和反馈控制功能,为现代化管理方法的应用创造了条件,给领导者提供了强有力的决策手段。由于这些功能的实现,使得物流系统中的管理工作由操作型变成了决策型,有利于物流系统现代化,将提高物流系统的经济效益。

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